Dans l'exercice de ses fonctions, la Commission dispose de missions nombreuses et variées :
- coordination nationale
- dialogue structurel
- rédaction et suivi des rapports périodiques
- rédaction d'autres documents en lien avec les droits de l'enfant
- collecte, analyse et traitement de données pour le Comité des droits de l'enfant
- concertation et échange d'informations entre les différentes instances
- implication des enfants
La Commission surveille aussi la mise en œuvre des suggestions et recommandations du Comité des droits de l’enfant et peut, à cet égard, rendre des avis (non-contraignants) aux autorités compétentes.
Elle peut également donner des avis sur des projets de conventions et protocoles internationaux dès lors que ceux-ci touchent aux droits des enfants.
